Dengan hadirnya system operasi Mac OS X 10.6 Snow Leopard, ternyata tidak semua aplikasi kompatibel dengan system tersebut, dan justru mengalami trouble ketika mengaplikasikannya. Aplikasi tersebut termasuk Adobe Photoshop Elements, Macromedia FreeHand MX, Cocktail, iStat Menus, FruitMenu, SilverKeeper, WireTap, dan sebagainya. Berikut beberapa aplikasi yang tidak kompatibel dengan Mac OS X 10.6 Snow Leopard (selengkapnya dapat melihat snowleopard.wikidot ) :
Game kisah mistery The AbbeyAdobe Photoshop Elements versi Elements 6 untuk Macintosh Free management utility AfloataMSN, cloning free open source MSN MessengerAppleJack, free troubleshooting utility untuk dijalankan di modus Single UserBackup Bouncer, utility backup-softwareBooks, aplikasi buku open source plus donasiChax, utility iChat plus donasiCheckPoint SecureClient untuk VPN clientClamXav, free virus checker berbasis ClamAVCocktail, utility maintenanceConceptDraw Pro, aplikasi pembuat diagramCuteFTP untuk FTP clientCyberDuck untuk FTP, SFTP, WebDAV, Cloud Files dan Amazon S3 BrowserData BackupDAVE untuk file dan print sharingDiskWarrtior 4.1 untuk recovery fileDynDNS untuk layanan DNS Electric Sheep aplikasi artworkFallout II, game yang mengalami kerusakan video di system iniTidak ada upgrade Forklift - FTP, SFTP, Amazon S3, WebDAV, SMB, NISm dan AFP FreeNX, remote display berbasis NX ServerFruitMenu, aplikasi kustomisasi menuGoogle Gearsinfo.xhead, utility database personalInquisitor, pendukung pencarian webiStat Menus, utility system-infoLeopard Cache Cleaner, utility maintenance systemLine 6 Monkey, auto-updater untuk aplikasi musicLinkinus untuk IRC clientMacromedia FreeHand MX 11.0.2, aplikasi ilustrasiMagical, aplikasi pengganti jam dan calendarMailTags, organizer Apple MailMax 5, software musicMenuMeters, system monitoring Nambu, utility social-networkingPGP Desktop dan PGP Whole Disk Encryption(h_n)